Pregunta:
¿Cuáles son los falsos positivos / negativos esperados para las pruebas de COVID-19?
bobuhito
2020-03-13 19:47:50 UTC
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Hasta el 13 de marzo, 45/301 personas dieron positivo / negativo a COVID-19 en Florida. ¿Cuáles son los falsos positivos / negativos esperados aquí?

ACTUALIZACIÓN (14 de marzo): 71/478 de lo que considero la mejor fuente.

No voté en contra, pero esperaría que la razón por la que alguien lo hiciera es la falta de investigación previa. ¿Cómo podría alguien saber los falsos positivos / negativos esperados tan pronto con una nueva enfermedad?
Honestamente, creo que las preguntas que son difíciles de responder merecen más votos positivos (suponiendo que la respuesta sea útil), pero está bien. Podría haber investigado esto más, tal vez para gripes anteriores, pero estoy abierto a otros enfoques teóricos. Primero me gustaría saber si esos números podrían estar fuera de lugar incluso en un 50%.
Difícil de responder e imposible de responder son cosas diferentes, y creo que su pregunta pertenece a la última categoría. Pregúntelo dentro de un año y creo que será más responsable.
Relacionado: https://medicalsciences.stackexchange.com/q/21337/7951
@CareyGregory: por lo que he leído en los periódicos, las pruebas se sometieron a la aprobación regulatoria de la vía rápida, así que imagino que alguien tiene una idea al menos de su sensibilidad y especificidad (a partir de las cuales podríamos al menos calcular algunas suposiciones con alguna información sobre los regímenes de prueba ). Puedo imaginar muy bien, por supuesto, que esas personas en este momento no tienen tiempo para pasar el rato en SX ...
Esta es una excelente pregunta y debe permanecer publicada hasta que un estudio revisado por pares pueda abordar la pregunta.
Dos respuestas:
cbeleites unhappy with SX
2020-03-15 04:14:33 UTC
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Consulte la respuesta larga para ¿Qué tan precisas son las pruebas de coronavirus?

Con los "números del peor de los casos" que extraigo de los requisitos mínimos de rendimiento que la FDA utiliza actualmente con una validación de emergencia para permitir que los laboratorios implementen rápidamente pruebas Covid-19 sin someterse al procedimiento de validación completo que normalmente toman, tenemos LR + ≈ 11 y LR- ≈ 1/20.

Las pruebas pueden ser (y probablemente son) en realidad mucho mejores.

Si tomamos 71 pruebas positivas: 478 negativas como un sustituto de la prevalencia de infección por Covid-19 entre la población analizada (14,5%), las probabilidades posteriores a la prueba de tener Covid -19 son

  • 71: 478 * 11 = 781: 478 ≈ 5: 3 para aquellos que dieron positivo, es decir, ≈ 62% PPV o probabilidad posterior a la prueba de tener Covid-19 .
    Por lo tanto, hasta el 38% de los 71 o 27 podrían ser falsos positivos.

  • 71: 478 * 1/20 = 71: 9560 ≈ 1: 135 o 0,7% de probabilidad posterior a la prueba de tener realmente Covid-19.
    Es decir hasta quizás 1 caso de falso negativo.


Actualización: he actualizado la respuesta vinculada ya que, mientras tanto, encontré datos más detallados sobre la validación real realizada para varias pruebas. La mayoría de ellos usaron más del tamaño de muestra mínimo requerido, pero no es que se procesaron miles de muestras de validación. (Sin embargo, la infame prueba de los CDC obtuvo aprobación de emergencia después de solo 13 casos de validación positiva, así que incluso menos. Pero eso fue a principios de febrero, y es posible que no hayan tenido más muestras de prueba disponibles en ese momento)

Si queremos calcular con el rendimiento esperado en lugar del peor posible para, por ejemplo, la prueba de Thermo Fisher, LR + y LR- serían 61 y 1/61, respectivamente.

El VPP habría sido entonces del 90% (7 falsos positivos) y el VPN del 0,25% (0 falsos negativos).

Gracias, pero prefiero no tener "números del peor de los casos". Su otra respuesta dice que todas las pruebas de laboratorio han sido 100% correctas, por lo que uno debería apostar que los resultados de Florida son más precisos que el 62%, ¿verdad?
@bobuhito: a nadie le gusta tener números en el peor de los casos :-). Dependiendo de las preguntas prácticas que haga, en el peor de los casos o, por ejemplo, esperado sería más apropiado. La cuestión es que, a pesar de que 30 aciertos de 30 son 100% de tasa de aciertos observada al igual que 1000 de 1000, hay una diferencia entre las dos situaciones. Y en este momento, no tenemos suficientes resultados de validación para asegurarnos de que las pruebas funcionen mucho mejor de lo que describí. Desde que escribí la respuesta, la FDA aprobó de emergencia algunas pruebas más, para las cuales la validación utilizó más casos (50 - 100). Actualicé la pregunta vinculada
con esa información, y también actualizado con el desempeño esperado. Sin embargo, sus cifras son, por lo que puedo decir, antes de que esas pruebas estuvieran disponibles. La otra cosa es: en la práctica, nada cambia. Ya sea que alguien tenga un VPP del 62% o un VPP del 90%, va a la cuarentena, y en ambos casos no esperamos falsos negativos del desempeño de la prueba (mi estimación es que un falso negativo debido a un error de muestreo podría ser más probable). La otra cosa es que las "pruebas" adicionales pueden aumentar aún más el VPP o disminuir el VAN. P.ej. si da positivo y la prueba porque está tosiendo y tiene
fiebre, puede estar lo suficientemente seguro para la mayoría de los propósitos prácticos de que tiene COVID-19. Si se le hace la prueba porque es una persona de contacto, pero no tiene síntomas y obtiene un resultado negativo, la incertidumbre restante vendría más bien de la posibilidad de que mientras tanto haya contraído el virus en lugar de la incertidumbre de la prueba.
gotwo
2020-05-24 16:16:59 UTC
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Los números publicados probablemente se basan en la prueba de PCR. Sobre el PCR he encontrado alguna información hace poco.

En un principio es considerar que solo existe un cierto período en el que una muestra de una determinada zona arroja resultados en el PCR. En el caso de las muestras de frotis de garganta, se encontró que la PCR puede tardar entre 4 y 8 días en mostrar una infección existente. El período de tiempo en el que la prueba permanece positiva se limita a 4 a 15 días , aunque la enfermedad continuó desarrollándose. Ahora se recomiendan muestras nasales antes de tomar un hisopo de garganta, pero también habrá un período adecuado para la toma de muestras.

En expansión, ¿qué tan precisas son las pruebas de PCR en el período en el que las pruebas deben ser positivas. Existe un estudio en el que se realizan diariamente pruebas de PCR. Se muestra que dentro del período con resultados positivos, algunas pruebas arrojaron un resultado negativo. Los días solo desde el primer día con un resultado positivo hasta el último día con un resultado positivo dan un período total de 84 días para todos los pacientes. Durante este tiempo, también se realizaron 11 pruebas con resultado negativo. Esto da un valor de 13,7% resultados de prueba negativos, a pesar de que el paciente estaba infectado con COVID-19.

Debe tenerse en cuenta que la prueba de PCR no es un simple sí / no prueba. El resultado primero depende de si se obtiene una cantidad suficiente de virus.

  • Como se escribió anteriormente, es importante elegir la región correcta del cuerpo.
  • Debe ser la relevante momento en el que los virus se encuentran en la región seleccionada.
  • La muestra debe obtenerse de la manera correcta.
  • La carga viral en el propio paciente debe ser suficiente ( medrxiv.org)

Aquí se describe que para un número de 484 copias de ARN del SARS-CoV-2 por mililitro, algunos productos de prueba de PCR detectan SARS-CoV-2 con 100% pero otro de los productos aprobados detecta 0% de virus.

Por tanto, no existe la única precisión. Hay que preguntar qué tipo de kit de prueba fue utilizado por qué fabricante, quién tomó la muestra, etc. Cada elemento puede afectar significativamente la precisión de una prueba.



Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 4.0 bajo la que se distribuye.
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